SEQUENCIAMENTO DO DNA, DESENVOLVIMENTO DE MARCADORES MOLECULARES E MONTAGEM DO GENOMA MITOCONDRIAL DA LAGOSTA Panulirus echinatus (Smith, 1869)

Abstract

RESUMO: A lagosta espinhosa Panulirus echinatus (Smith, 1869) é amplamente distribuída nos Atlânticos Central, Ocidental e Oriental. Representa um dos mais importantes recursos pesqueiros do litoral das regiões Norte e Nordeste do Brasil e são intensamente exploradas por possuírem alto valor comercial, com isso, estratégias para o manejo sustentável devem compreender também estudos de diversidade genética da espécie. Nosso trabalho teve como objetivo o sequenciamento do genoma da lagosta, utilizando a tecnologia de sequenciamento de nova geração, visando a descrição de marcadores microssatélites, além da montagem do genoma mitocondrial da espécie. O DNA alvo utilizado para o sequenciamento foi extraído do tecido muscular da lagosta. Um nanograma desse DNA foi utilizado para obtenção dos reads que foram submetidos a posterior sequenciamento. Para tanto, uma biblioteca de extremidades emparelhadas da Illumina foi criada conforme especificações d o kit de preparação da Illumina Nextera (Illumina Inc.). O sequenciamento foi conduzido usando o sequenciador Miseq Benchtop (Illumina Inc.). As sequências contíguas ( contigs) foram criadas a partir dos dados das sequências emparelhados pelas extremidades obtidas por meio do CLC Genomics Workbench 7.0.4 (Qiagen). Os motifs de microssatélites foram identificados e localizados utilizando o software MSDB, foram realizadas buscas por regiões microssatélites e 27 pares de locos SSRs tri e tetranucleotídicos foram selecionados. O genoma mitocondrial foi completamente montado por interações no software MITObim. O resultado obtido, após o sequenciamento foi uma plataforma com 7196 sequências contíguas, onde 2959 SSR foram identificados, entre seis classes de marcado res SSRs. Dos 27 primers previamente testados, 17 apresentarem polimorfismo e 3 foram monomórficos. O genoma mitocondrial completo da lagosta é de 15.808 pb, contendo 37 genes ( 13 genes codificadores de proteínas, 22 genes para RNA transportador e 2 genes para RNA ribossomais), a ordem dos genes é exatamente a mesma observada para outros mitogenomas do gênero Panulirus. Os dados fornecidos podem ajudar a esclarecer as relações evolutivas dentro da família Palinuridae, e ser usados para estudos de genética de populações e identificação de organismos em crustáceos. ABSTRACT: The spiny Panulirus echinatus lobster (Smith, 1869) is widely distributed in the Central Atlantic, Western and Eastern. It is one of the most important fishing grounds of coastal resources in North and Northeast Brazil and are heavily exploited by having high commercial value, therefore, strategies for sustainable management must also understand genetic diversity studies of the species. Our study aimed to sequence the genome of the lobster, using the new generation of sequencing technology, aiming at the description of microsatellite markers, in addition to the assembly of the mitochondrial genome of the species. The target DNA used for sequencing was extracted from muscle lobster. One nanogram of this DNA was used to obtain the reads that have undergone subsequent sequencing. To do so, a paired end library Illumina was created as preparation kit specifications of Illumina Nextera (Illumina Inc.). The sequencing was carried out using the Sequencer Miseq Benchtop (Illumina Inc.). Contiguous sequences (contigs) were created from the data of the sequences matched by the edges obtained through the CLC Genomics Workbench 7.0.4 (Qiagen). The microsatellite motifs were identified and located using the MSDB software, searches for microsatellite regions and 27 pairs of loci SSRs and tri tetranucleotídicos were selected were performed. The mitochondrial genome has been completely mounted interactions in MITObim software. The result obtained after the sequencing was a platform with 7196 contigs where SSR 2959 were identified among six classes of SSRs markers. Of the 27 primers previously tested, 17 polymorphics and 3 were monomorphic. The complete mitochondrial genome of the lobster is 15,808 bp, containing 37 genes (13 protein-coding genes, 22 genes for tRNA and 2 genes for ribosomal RNA), the order of genes is exactly the same observed for other mitogenomas of Panulirus genre. The data provided may help clarify the evolutionary relationships within the Palinuridae family, and be used for genetic studies of populations and identification of organisms in crustaceans.