DIVERSIDADE GENÉTICA DE POPULAÇÕES DE OVINOS SANTA INÊS NO MEIO-NORTE DO BRASIL COM MARCADORES DE BASE ÚNICA (SNPs)

Abstract

RESUMO: Os ovinos da raça Santa Inês destacam-se em quase todas as regiões do Brasil por seu potencial adaptativo e reprodutivo. Embora a raça tenha registrado baixos índices produtivos, sabe-se que a mesma apresenta alto potencial genético. Porém, a busca de resultados imediatos faz com que diversos produtores realizem cruzamentos destes animais com raças exóticas, popularmente mais produtivas. Visando a conservação da raça Santa Inês e a aplicação deste patrimônio genético em futuros estudos de melhoramento, torna-se necessário avaliar a diversidade genética dos rebanhos disponíveis. Nesse contexto, esse estudo teve como objetivo avaliar a diversidade genética de ovinos puros da raça Santa Inês em fazendas do Piauí e Maranhão, utilizando o chip de alta densidade BeadChip OvineSNP50 da Illumina. Dos 54.241 marcadores de base única (SNPs) disponíveis, foram selecionados os que passaram no teste para equilíbrio de Hardy-Weinberg (significância a 0,05), frequência do alelo menor (MAF) > 0,1, GC-score > 0,7, GT-score > 0,5 e desequilíbrio de ligação (LD com r2 > 0,05), sobrando 1.747 SNPs. Foram genotipados animais de seis fazendas (uma em Floriano, PI; duas em Campo Maior, PI; duas em José de Freitas, PI; uma em Santa Inês, MA). Os dados observados nos SNPs selecionados indicaram valores médios de heterozigosidades observada e esperada de, respectivamente, 0,485 e 0,476. As estimativas de variação apresentaram valores negativos para o índice de fixação F, porém todos próximos a zero. O coeficiente de endogamia (Fis) mostrou-se não significativo (-0,023) e a estimativa de número de migrantes (Nm = 17,258) corroborou para a hipótese de que os baixos índices de endogamia ocorrem devido ao câmbio de animais entre as fazendas. A maior parte da variabilidade encontrada (95%, estimada pela AMOVA) está uniformemente distribuída entre as fazendas. Porém, por meio da Análise de Coordenadas Principais (PCoA) e de análises Bayesianas para avaliação de estrutura populacional, observou-se a presença de dois perfis genéticos presentes entre as amostras. A maioria dos animais pertence a um grupo único, que apresenta baixa introgressão de material genético. Estes animais foram observados nos municípios de Floriano e Campo Maior, no Piauí, bem como em Santa Inês, Maranhão. Um segundo grupo de animais, encontrado nas fazendas de José de Freitas, PI, mostrou material genético mais heterogêneo, podendo haver cruzamentos destes com outros de regiões distintas. ABSTRACT: The Santa Inês sheep stand out in almost all regions of Brazil for its adaptive and reproductive potential. Although the breed has registered low reproductive rates, it is known that it possess a high genetic potential. However, the search for immediate results has driven many breeders to cross these animals with exotic breeds, usually more productive. In order to promote the conservation of Santa Inês breed and the application of this genetic resource in future breeding studies, it is necessary the evaluation of the genetic diversity of the available flocks. In this context, the aim of this study was to evaluate the genetic diversity of purebreed Santa Inês sheep on farms of Piauí and Maranhão, using the Illumina high-density OvineSNP50 BeadChip. Of the 54,241 single nucleotide polymorphism (SNPs) markers available, only those that passed the Hardy-Weinberg equilibrium test (0.05 significance level), minor allele frequency (MAF) > 0.1, GC-score > 0.7, GT-score > 0.5 and linkage disequilibrium (LD, r2 > 0.05) were selected, remaining 1,747 SNPs. Animals from six farms were genotyped (one in Floriano, PI; two in Campo Maior, PI; two in José de Freitas, PI; one in Santa Inês, MA). The data obtained from the selected SNPs indicated average values of the observed and expected heterozygosity, respectively, 0.485 and 0.476. The variation estimates were negative for the fixation index F, nearing zero. The inbreeding coefficient (Fis) proved to be not significant (-0.023) and the average number of migrants per generation (Nm = 17.258) corroborated the hypothesis that the low inbreeding rates are due to the exchange of animals between farms. The AMOVA showed that most of the variability found (95%) is distributed uniformly between farms. However, through the Principal Coordinates Analysis (PCoA) and Bayesian analysis of population structure, it was observed the presence of two genetic profiles present between samples. Most of the animals belong to a single group, which exhibit low introgression of the genetic material. These animals were observed in the counties of Floriano and Campo Maior, Piauí, as well as in Santa Inês, Maranhão. A second group of animals, found on farms of José de Freitas, PI, showed a more heterogeneous genetic material, enabling the cross of these animals with others from distinct regions.